Các học sinh tại học viện IS được huấn luyện sử dụng hệ thống vũ khí (Infinite Stratos hay "IS"), và được biết "IS" chỉ phản ứng với nữ, nhưng có một tên con trai duy nhất sử dụng được "IS", hắn là Ichika Orimura. Và hắn ta được chuyển đến học viện IS, nơi mà toàn bộ học sinh đều là nữ...