Trong phần mở đầu của Aqua một cô gái trẻ tên Akari đã đi từ Manhome (trước đó gọi là Trái Đất) để trở thành người chèo thuyền gondola tập sự cho công ty ARIA, một trong ba công ty có uy tín nhất thành phố trong việc hướng dẫn du khách trên thuyền. Cô có ước mơ trở thành một undine (người chèo thuyền kiêm hướng dẫn viên du lịch). Trong quá trình luyện tập của mình Akari đã kết bạn với người cố vấn của mình là Alicia và các nhân viên từ các công ty khác như Aika, Alice, Akira và Athena cũng như các nhân vật khác trong thành phố Neo-Venezia. Mỗi chương là một góc của cuộc sống, Akari bắt đầu khám phá thế giới trên chiếc gondola của mình trong thành phố Neo-Venezia cũng như chính hành tinh Aqua.