Tokyo, năm 2049... nhờ vào việc thông qua bộ luật "Cải Cách Galapagos" bởi chính phủ đương thời, giờ Nga, Trung Quốc, Mỹ và Nhật Bản đã được kết nối với nhau nhờ vào hệ thống Hyperloop. Chính bởi Chủ Nghĩa Đa Văn Hóa trên mà Tokyo đã biến thành một thành phố có tỉ lệ tội phạm cao nhất thế giới. Nhằm chống lại sự gia tăng của lũ tội phạm, những kẻ làm việc trong bóng tối kể từ thời Chiến Quốc đã được chiêu mộ... Bọn họ là... Shinobi!